Сегодня в КГМУ реализована многоуровневая структура непрерывной подготовки медицинских кадров. Она включает в себя медицинский колледж для подготовки медработников среднего звена, а также факультет непрерывного профессионального развития, где ежегодно повышают свой профессиональный уровень свыше трех тысяч врачей. В вузе внедрена кредитная технология обучения и трехступенчатая модель подготовки: бакалавр – магистр – доктор РhD. В 2013 году были открыты новые специальности бакалавриата «Биология» и «Технология фармацевтического производства». В настоящее время подготовка научно-педагогических кадров в КГМУ осуществляется в рамках магистратуры и докторантуры PhD по специальностям «Медицина», «Общественное здравоохранение», «Сестринское дело», «Фармация», «Технология фармацевтического производства», «Медико-профилактическое дело»